一般水生植物的根内部细胞间隙较大，有特殊的通气组织。孔眼与孔眼相极谱溶解氧连，彼此贯穿形成为一个输送气体的通道网。上下连通，空气可自由出入，根表皮的半透明膜的渗透能力强。这样，水生植物的根就能吸收水中的氧气，通过内部细胞间隙，供根呼吸。

一般沉没在水中的叶片部分表皮上没有气孔，而浮在水面上的叶片表面气孔，则常常增多。水生植物的通气组织，主要有开放式和封闭式两大类。莲等植物的通气组织属于开放式的，空气从叶片的气孔进入后，能通过茎和叶的通气组织，从而进入地下茎和根部的气室。整个通气组织通过气孔直接与外界的空气进行交流。

金鱼藻等植物，通气组织是封闭式的，它不与外界大气连通，只贮存光合作用产生的氧气供呼吸作用之用，以及呼吸作用产生的二氧化碳供光合作用之用。